A fiatal növényeket évente, az idősebbeket 2-3 évente, a gyökerek fejlődésének megfelelően ültessük át. Fenyőfélék esetében ne távolítsuk el az összes föld mennyiséget, mert a növénynek szüksége van a gyökerei körül kialakult gombákra. Ezek nélkül bonsaiunk bele is pusztulhat az átültetésbe. Lombos fák esetében a teljes föld mennyiséget eltávolíthatjuk. A gyökerek kiszabadításához használjunk gyökérkapircsot.
A föld összetételét mindig az adott növény igényeihez igazítsuk. Fontos az ültetőközeg ph értéke és vízáteresztő képessége. A bonsai föld 3 fő összetevője a tőzeg, a homok és az agyag. Savanyú talajt kedvelő fák esetében a keverék nagyobb százalékban tartalmazzon tőzeget. A kötöttebb talaj több agyagot tartalmaz, mint a jó víz áteresztő képességű homokos közeg.
A bonszai fákat szerves és műtrágyával trágyázhatjuk. Fontos hogy ne trágyázzuk túl. Szerves trágyaként legjobb az ültetés közben szarulisztet keverni a közeghez. A műtrágyázást 1-2 hetente óvatosan adagoljuk a növekedési időszakban.